報 告 人：陳國波 副研究員
報告題目：大規(guī)模醫(yī)學(xué)遺傳數(shù)據(jù)分析與實踐
報告時間：2023年6月9日（周五）上午9：00
報告地點：靜遠樓1506
主辦單位：數(shù)學(xué)與統(tǒng)計學(xué)院、數(shù)學(xué)研究院、科學(xué)技術(shù)研究院
報告人簡介：
陳國波，2009年浙江大學(xué)數(shù)量遺傳學(xué)博士，2011~2015年澳大利亞昆士蘭大學(xué)大腦研究所博士后。2017年至今，浙江省人民醫(yī)院臨床醫(yī)學(xué)研究所副研究員。從事統(tǒng)計遺傳學(xué)研究，在Nature,Lancet,Am J Hum Genet,Hum Mol Genet,Bioinformatics,Mol Ecology等雜志發(fā)表論文40余篇，Google Scholar引用超3200次，H-index 19。
報告摘要：
醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)數(shù)據(jù)逐漸涌現(xiàn)為數(shù)據(jù)挖掘與分析的重要場景，尤其DNA測序數(shù)據(jù)結(jié)合表型數(shù)據(jù)構(gòu)成全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association studies，GWAS）的規(guī)范數(shù)據(jù)格式，直接可以作為各類醫(yī)學(xué)預(yù)測的數(shù)據(jù)源。但醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)和DNA數(shù)據(jù)受到隱私保護的各類限制，現(xiàn)實中很難直接使用或者交互，極大限制了數(shù)據(jù)體量的擴增。本研究采用隨機矩陣的計算框架，采用projection的方式，對基因型數(shù)據(jù)進行單向哈希加密，精準測算projection所需要的維度k與最終求解精度的量化關(guān)系，開發(fā)出適用于多方計算的encG-reg（encrypted genotype regression）。以兩份真實世界的UKBiobank的約50萬GWAS樣本以及中國本土6個基因組相關(guān)研究所的約6萬份GWAS樣本，展示了如何在多方計算下采用encG-reg完成醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)數(shù)據(jù)的親屬鑒定，以及將要展開的進一步工作內(nèi)容和數(shù)據(jù)分析層面的各類挑戰(zhàn)。